Ο Ιωάννης Μανουηλίδης αποφοίτησε από το Κολλέγιο Αθηνών το 1976 και απέκτησε τα πτυχία του από το Princeton University (AB Philosophy, 1980), το University of Chicago (MA Philosophy, 1983) και το Cambridge University (BA Law 1985). Είναι πιστοποιημένος δικηγόρος της Αγγλίας, πρώην μέλος του Paris Bar και εταίρος στο δικηγορικό γραφείο Allen & Overy στο Λονδίνο. Είναι επίσης μέλος του Συμβουλευτικού Σώματος του Κέντρου Μελετών Εμπορικού Δικαίου του Queen Mary, University of London, Επίτροπος του Hellenic Foundation και μέλος της ομάδας εργασίας του Σωματείου Διεθνούς Δικαίου για το Κυβερνητικό Χρέος.