Από το ξεκίνημα του Κολλεγίου Αθηνών, θεσπίσθηκε το Πρόγραμμα Υποτροφιών, που αποτελεί ξεχωριστό στοιχείο της φυσιογνωμίας του Σχολείου και της παιδαγωγικής-κοινωνικής φιλοσοφίας του. Στόχος του είναι η ενίσχυση του κοινωνικο-οικονομικού πλουραλισμού του μαθητικού πληθυσμού.

Χάρη στο Πρόγραμμα, κάθε χρόνο εκατοντάδες μαθητές, των οποίων οι οικογένειες έχουν περιορισμένες οικονομικές δυνατότητες ή αντιμετωπίζουν σοβαρά οικονομικά προβλήματα, δέχονται βοήθεια για να φοιτήσουν στο Κολλέγιο, ώστε –όπως είχε τονίσει ο Στέφανος Δέλτα– να μην καταντά η εκπαίδευση και η μόρφωση, που δίνει το Σχολείο μας, «ένα είδος προνομίου της ευπορούσης τάξεως».

Δημιουργοί και πρώτοι υποστηρικτές του Προγράμματος ήταν ο Στέφανος και η Πηνελόπη Δέλτα και διαμορφωτής του συστήματος λειτουργίας του ο Όμηρος Ντέιβις, ο επί 30 και πλέον έτη Διευθυντής/President του Κολλεγίου.